TY - JOUR AU - Venter, J. C. AU - Remington, K. AU - Heidelberg, J. F. AU - Halpern, A. L. AU - Rusch, D. AU - Eisen, J. A. AU - Wu, D. AU - Paulsen, I. AU - Nelson, K. E. AU - Nelson, W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Environmental genome shotgun sequencing of the Sargasso Sea JO - Science VL - 304 UR - https://doi.org/10.1126/science.1093857 DO - 10.1126/science.1093857 ID - Venter2004 ER - TY - JOUR AU - Eisen, J. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Environmental shotgun sequencing: Its potential and challenges for studying the hidden world of microbes JO - PLoS Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050082 DO - 10.1371/journal.pbio.0050082 ID - Eisen2007 ER - TY - JOUR AU - Chen, K. AU - Pachter, L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Bioinformatics for whole-genome shotgun sequencing of microbial communities JO - PLOS Comput Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0010024 DO - 10.1371/journal.pcbi.0010024 ID - Chen2005 ER - TY - JOUR AU - Olsen, G. J. AU - Lane, D. J. AU - Giovannoni, S. J. AU - Pace, N. R. AU - Stahl, D. A. PY - 1986 DA - 1986// TI - Microbial ecology and evolution: a ribosomal RNA approach JO - Annu Rev Microbiol VL - 40 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.mi.40.100186.002005 DO - 10.1146/annurev.mi.40.100186.002005 ID - Olsen1986 ER - TY - JOUR AU - Yooseph, S. AU - Sutton, G. AU - Rusch, D. B. AU - Halpern, A. L. AU - Williamson, S. J. AU - Remington, K. AU - Eisen, J. A. AU - Heidelberg, K. B. AU - Manning, G. AU - Li, W. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Sorcerer II Global Ocean Sampling expedition: expanding the universe of protein families JO - PLoS Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050016 DO - 10.1371/journal.pbio.0050016 ID - Yooseph2007 ER - TY - JOUR AU - Edwards, R. A. AU - Rodriguez-Brito, B. AU - Wegley, L. AU - Haynes, M. AU - Breitbart, M. AU - Peterson, D. M. AU - Saar, M. O. AU - Alexander, S. AU - Alexander, E. C. AU - Rohwer, F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Using pyrosequencing to shed light on deep mine microbial ecology JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-57 DO - 10.1186/1471-2164-7-57 ID - Edwards2006 ER - TY - JOUR AU - Anonymous PY - 2009 DA - 2009// TI - Metagenomics versus Moore’s law JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth1209-935c DO - 10.1038/nmeth1209-935c ID - Anonymous2009 ER - TY - JOUR AU - Meyer, F. AU - Paarmann, D. AU - D’Souza, M. AU - Olson, R. AU - Glass, E. M. AU - Kubal, M. AU - Paczian, T. AU - Rodriguez, A. AU - Stevens, R. AU - Wilke, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The metagenomics RAST server — a public resource for the automatic phylogenetic and functional analysis of metagenomes JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-386 DO - 10.1186/1471-2105-9-386 ID - Meyer2008 ER - TY - JOUR AU - Markowitz, V. M. AU - Ivanova, N. AU - Palaniappan, K. AU - Szeto, E. AU - Korzeniewski, F. AU - Lykidis, A. AU - Anderson, I. AU - Mavromatis, K. AU - Kunin, V. AU - Garcia Martin, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - An experimental metagenome data management and analysis system JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl217 DO - 10.1093/bioinformatics/btl217 ID - Markowitz2006 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Schäffer, A. A. AU - Aravind, L. AU - Madden, T. L. AU - Shavirin, S. AU - Spouge, J. L. AU - Wolf, Y. I. AU - Koonin, E. V. AU - Altschul, S. F. PY - 2001 DA - 2001// TI - Improving the accuracy of PSI-BLAST protein database searches with composition-based statistics and other refinements JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.14.2994 DO - 10.1093/nar/29.14.2994 ID - Schäffer2001 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. PY - 1998 DA - 1998// TI - Profile hidden Markov models JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.9.755 DO - 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ID - Eddy1998 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - CHAP AU - Webb, E. C. PY - 1992 DA - 1992// BT - Enzyme Nomenclature PB - Academic Press CY - San Diego, California ID - Webb1992 ER - TY - JOUR AU - Riley, M. PY - 1993 DA - 1993// TI - Functions of the gene products of Escherichia coli JO - Microbiol Rev VL - 57 ID - Riley1993 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Hillier, L. AU - Wendl, M. C. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using phred. I. Accuracy assessment JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.175 DO - 10.1101/gr.8.3.175 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using phred. II. Error probabilities JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.186 DO - 10.1101/gr.8.3.186 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Lowe, T. M. AU - Eddy, S. R. PY - 1997 DA - 1997// TI - tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.5.0955 DO - 10.1093/nar/25.5.0955 ID - Lowe1997 ER - TY - JOUR AU - Noguchi, H. AU - Taniguchi, T. AU - Itoh, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - MetaGeneAnnotator: detecting species-specific patterns of ribosomal binding site for precise gene prediction in anonymous prokaryotic and phage genomes JO - DNA Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsn027 DO - 10.1093/dnares/dsn027 ID - Noguchi2008 ER - TY - JOUR AU - Yooseph, S. AU - Li, W. AU - Sutton, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gene identification and protein classification in microbial metagenomic sequence data via incremental clustering JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-182 DO - 10.1186/1471-2105-9-182 ID - Yooseph2008 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Fedorova, N. D. AU - Jackson, J. D. AU - Jacobs, A. R. AU - Kiryutin, B. AU - Koonin, E. V. AU - Krylov, D. M. AU - Mazumder, R. AU - Mekhedov, S. L. AU - Nikolskaya, A. N. PY - 2003 DA - 2003// TI - The COG database: an updated version includes eukaryotes JO - BMC Bioinformatics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-4-41 DO - 10.1186/1471-2105-4-41 ID - Tatusov2003 ER - TY - JOUR AU - Dalevi, D. AU - Ivanova, N. N. AU - Mavromatis, K. AU - Hooper, S. D. AU - Szeto, E. AU - Hugenholtz, P. AU - Kyrpides, N. C. AU - Markowitz, V. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Annotation of metagenome short reads using proxygenes JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn276 DO - 10.1093/bioinformatics/btn276 ID - Dalevi2008 ER - TY - JOUR AU - Henikoff, S. AU - Henikoff, J. G. PY - 1993 DA - 1993// TI - Performance evaluation of amino acid substitution matrices JO - Proteins VL - 17 UR - https://doi.org/10.1002/prot.340170108 DO - 10.1002/prot.340170108 ID - Henikoff1993 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Auch, A. F. AU - Qi, J. AU - Schuster, S. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGAN analysis of metagenomic data JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5969107 DO - 10.1101/gr.5969107 ID - Huson2007 ER - TY - JOUR AU - Bateman, A. AU - Coin, L. AU - Durbin, R. AU - Finn, R. D. AU - Hollich, V. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Khanna, A. AU - Marshall, M. AU - Moxon, S. AU - Sonnhammer, E. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Pfam protein families database JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh121 DO - 10.1093/nar/gkh121 ID - Bateman2004 ER - TY - JOUR AU - Haft, D. H. AU - Selengut, J. D. AU - White, O. PY - 2003 DA - 2003// TI - The TIGRFAMs database of protein families JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg128 DO - 10.1093/nar/gkg128 ID - Haft2003 ER - TY - STD TI - Davies K. CLC bio satisfies Next-Gen Bioinformatics Cravings. Bio-IT World 2009 (September 23). ID - ref27 ER - TY - JOUR AU - Claudel-Renard, C. AU - Chevalet, C. AU - Faraut, T. AU - Kahn, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Enzyme-specific profiles for genome annotation: PRIAM JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg847 DO - 10.1093/nar/gkg847 ID - Claudel-Renard2003 ER - TY - JOUR AU - Sonnhammer, E. L. AU - Heijne, G. AU - Krogh, A. PY - 1998 DA - 1998// TI - A hidden Markov model for predicting transmembrane helices in protein sequences JO - Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol VL - 6 ID - Sonnhammer1998 ER - TY - JOUR AU - Davidsen, T. AU - Beck, E. AU - Ganapathy, A. AU - Montgomery, R. AU - Zafar, N. AU - Yang, Q. AU - Madupu, R. AU - Goetz, P. AU - Galinsky, K. AU - White, O. AU - Sutton, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - The comprehensive microbial resource JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp912 DO - 10.1093/nar/gkp912 ID - Davidsen2010 ER - TY - JOUR AU - Overbeek, R. AU - Disz, T. AU - Stevens, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - The SEED: A peer-to-peer environment for genome annotation JO - Commun ACM VL - 47 UR - https://doi.org/10.1145/1029496.1029525 DO - 10.1145/1029496.1029525 ID - Overbeek2004 ER -