TY - JOUR AU - Suzuki, T. AU - Mori, Y. AU - Nishimura, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Roseibacterium elongatum gen. nov., sp. nov., an aerobic, bacteriochlorophyll-containing bacterium isolated from the westcoast of Australia JO - Int J Syst Evol Microbiol VL - 56 UR - https://doi.org/10.1099/ijs.0.02094-0 DO - 10.1099/ijs.0.02094-0 ID - Suzuki2006 ER - TY - JOUR AU - Mao, Y. AU - Wei, J. AU - Zeng, Q. AU - Xiao, N. AU - Li, Q. AU - Fu, Y. AU - Wang, Y. AU - Jiao, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Roseibacterium beibuensis sp. nov., a novel member of Roseobacter clade isolated from Beibu Gulf in the South China Sea JO - Curr Microbiol VL - 65 UR - https://doi.org/10.1007/s00284-012-0192-6 DO - 10.1007/s00284-012-0192-6 ID - Mao2012 ER - TY - JOUR AU - Buchan, A. AU - Gonzalez, J. M. AU - Moran, M. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Overview of the marine Roseobacter lineage JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.71.10.5665-5677.2005 DO - 10.1128/AEM.71.10.5665-5677.2005 ID - Buchan2005 ER - TY - JOUR AU - Wagner-Döbler, I. AU - Biebl, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Environmental biology of the Roseobacter lineage JO - Annu Rev Microbiol VL - 60 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.60.080805.142115 DO - 10.1146/annurev.micro.60.080805.142115 ID - Wagner-Döbler2006 ER - TY - JOUR AU - Göker, M. AU - Cleland, D. AU - Saunders, E. AU - Lapidus, A. AU - Nolan, M. AU - Lucas, S. AU - Hammon, N. AU - Deshpande, S. AU - Cheng, J. F. AU - Tapia, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Complete genome sequence of Isosphaera pallida type strain (IS1BT) JO - Stand Genomic Sci VL - 4 UR - https://doi.org/10.4056/sigs.1533840 DO - 10.4056/sigs.1533840 ID - Göker2011 ER - TY - JOUR AU - Hess, P. N. AU - Moraes Russo, C. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - An empirical test of the midpoint rooting method JO - Biol J Linn Soc Lond VL - 92 UR - https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.2007.00864.x DO - 10.1111/j.1095-8312.2007.00864.x ID - Hess2007 ER - TY - JOUR AU - Vaas, L. A. AU - Sikorski, J. AU - Hofner, B. AU - Fiebig, A. AU - Buddruhs, N. AU - Klenk, H. P. AU - Göker, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - opm: an R package for analysing OmniLog phenotype microarray data JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt291 DO - 10.1093/bioinformatics/btt291 ID - Vaas2013 ER - TY - STD TI - Riedel T, Fiebig A, Spring S, Petersen J, Göker M, Klenk HP. Genome sequence of the Wenxinia marina type strain (DSM 24838T), a representative of the Roseobacter clade isolated from oilfield sediments. Stand Genomic Sci (Submitted). ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Trash, J. C. AU - Cho, J. C. AU - Vergin, K. L. AU - Giovannoni, S. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome sequences of Oceanicola granulosus HTCC2516T and Oceanicola batsensis HTCC2597T JO - J Bacteriol VL - 192 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00412-10 DO - 10.1128/JB.00412-10 ID - Trash2010 ER - TY - JOUR AU - Vollmers, J. AU - Voget, S. AU - Dietrich, S. AU - Gollnow, K. AU - Smits, M. AU - Meyer, K. AU - Brinkhoff, T. AU - Simon, M. AU - Daniel, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Poles apart: Arctic and Antarctic Octadecabacter strains share high genome plasticity and a new type of xanthorhodopsin JO - PLoS ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0063422 DO - 10.1371/journal.pone.0063422 ID - Vollmers2013 ER - TY - JOUR AU - Wagner-Döbler, I. AU - Ballhausen, B. AU - Berger, M. AU - Brinkhoff, T. AU - Bunk, B. AU - Cypionka, H. AU - Daniel, R. AU - Drepper, T. AU - Gerdts, G. AU - Hahnke, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - The complete genome sequence of the algal symbiont Dinoroseobacter shibae: a hitchhiker’s guide to life in the sea JO - ISME J VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2009.94 DO - 10.1038/ismej.2009.94 ID - Wagner-Döbler2010 ER - TY - JOUR AU - Field, D. AU - Garrity, G. AU - Gray, T. AU - Morrison, N. AU - Selengut, J. AU - Sterk, P. AU - Tatusova, T. AU - Thomson, N. AU - Allen, M. J. AU - Angiuoli, S. V. PY - 2008 DA - 2008// TI - The minimum information about a genome sequence (MIGS) specification JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1360 DO - 10.1038/nbt1360 ID - Field2008 ER - TY - JOUR AU - Field, D. AU - Amaral-Zettler, L. AU - Cochrane, G. AU - Cole, J. R. AU - Dawyndt, P. AU - Garrity, G. M. AU - Gilbert, J. AU - Glöckner, F. O. AU - Hirschman, L. AU - Karsch-Mzrachi, I. PY - 2013 DA - 2013// TI - Clarifying Concepts and Terms in Biodiversity Informatics JO - PLoS Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001088 DO - 10.1371/journal.pbio.1001088 ID - Field2013 ER - TY - JOUR AU - Woese, C. R. AU - Kandler, O. AU - Weelis, M. L. PY - 1990 DA - 1990// TI - Towards a natural system of organisms. Proposal for the domains Archaea, Bacteria and Eucarya JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 87 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.87.12.4576 DO - 10.1073/pnas.87.12.4576 ID - Woese1990 ER - TY - CHAP AU - Garrity, G. M. AU - Bell, J. A. AU - Lilburn, T. ED - Brenner, D. J. ED - Krieg, N. R. ED - Stanley, J. T. ED - Garrity, G. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Phylum XIV. Proteobacteria phyl nov. BT - Bergey’s Manual of Sytematic Bacteriology PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/0-387-29298-5_1 DO - 10.1007/0-387-29298-5_1 ID - Garrity2005 ER - TY - CHAP AU - Garrity, G. M. AU - Bell, J. A. AU - Lilburn, T. ED - Brenner, D. J. ED - Krieg, N. R. ED - Stanley, J. T. ED - Garrity, G. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Class I. Alphaproteobacteria class. nov. BT - Bergey’s Manual of Sytematic Bacteriology PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/0-387-29298-5_1 DO - 10.1007/0-387-29298-5_1 ID - Garrity2005 ER - TY - STD TI - Validation List No. 107. List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published. Int J Syst Evol Microbiol 2006; 56:1–6. ID - ref17 ER - TY - CHAP AU - Garrity, G. M. AU - Bell, J. A. AU - Lilburn, T. ED - Brenner, D. J. ED - Krieg, N. R. ED - Staley, J. T. ED - Garrity, G. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Order III. Rhodobacterales ord. nov. BT - Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology PB - Springer CY - New York ID - Garrity2005 ER - TY - CHAP AU - Garrity, G. M. AU - Bell, J. A. AU - Lilburn, T. ED - Brenner, D. J. ED - Krieg, N. R. ED - Staley, J. T. ED - Garrity, G. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Family I. Rhodobacteraceae fam. nov. BT - Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology PB - Springer CY - New York ID - Garrity2005 ER - TY - JOUR PY - 2010 DA - 2010// TI - Classification of Bacteria and Archaea in risk groups JO - TRBA VL - 466 ID - ref20 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - DeSantis, T. Z. AU - Hugenholtz, P. AU - Larsen, N. AU - Rojas, M. AU - Brodie, E. L. AU - Keller, K. AU - Huber, T. AU - Dalevi, D. AU - Hu, P. AU - Andersen, G. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Greengenes, a Chimera-Checked 16S rRNA Gene Database and Workbench Compatible with ARB JO - Appl Environ Microbiol VL - 72 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03006-05 DO - 10.1128/AEM.03006-05 ID - DeSantis2006 ER - TY - JOUR AU - Porter, M. F. PY - 1980 DA - 1980// TI - An algorithm for suffix stripping JO - Program: electronic library and information systems VL - 14 UR - https://doi.org/10.1108/eb046814 DO - 10.1108/eb046814 ID - Porter1980 ER - TY - JOUR AU - Buddruhs, N. AU - Pradella, S. AU - Göker, M. AU - Päuker, O. AU - Michael, V. AU - Pukall, R. AU - Spröer, C. AU - Schumann, P. AU - Petersen, J. AU - Brinkhoff, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Molecular and phenotypic analyses reveal the non-identity of the Phaeobacter gallaeciensis type strain deposits CIP 105210T and DSM 17395 JO - Int J Syst Evol Microbiol VL - 63 UR - https://doi.org/10.1099/ijs.0.053900-0 DO - 10.1099/ijs.0.053900-0 ID - Buddruhs2013 ER - TY - JOUR AU - Vaas, L. A. I. AU - Sikorski, J. AU - Michael, V. AU - Göker, M. AU - Klenk, H. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Visualization and curve-parameter estimation strategies for efficient exploration of phenotype microarray kinetics JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0034846 DO - 10.1371/journal.pone.0034846 ID - Vaas2012 ER - TY - JOUR AU - Vaas, L. A. I. AU - Marheine, M. AU - Sikorski, J. AU - Göker, M. AU - Schumacher, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Impacts of pr-10a overexpression at the molecular and the phenotypic level JO - Int J Mol Sci VL - 14 UR - https://doi.org/10.3390/ijms140715141 DO - 10.3390/ijms140715141 ID - Vaas2013 ER - TY - JOUR AU - Göker, M. AU - Klenk, H. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Phylogeny-driven target selection for large-scale genome-sequencing (and other) projects JO - Stand Genomic Sci VL - 8 UR - https://doi.org/10.4056/sigs.3446951 DO - 10.4056/sigs.3446951 ID - Göker2013 ER - TY - JOUR AU - Wu, D. AU - Hugenholtz, P. AU - Mavromatis, K. AU - Pukall, R. AU - Dalin, E. AU - Ivanova, N. N. AU - Kunin, V. AU - Goodwin, L. AU - Wu, M. AU - Tindall, B. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - A phylogeny-driven Genomic Encyclopaedia of Bacteria and Archaea JO - Nature VL - 462 UR - https://doi.org/10.1038/nature08656 DO - 10.1038/nature08656 ID - Wu2009 ER - TY - JOUR AU - Pagani, I. AU - Liolios, K. AU - Jansson, J. AU - Chen, I. M. AU - Smirnova, T. AU - Nosrat, B. AU - Markowitz, V. M. AU - Kyrpides, N. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - The Genomes OnLine Database (GOLD) v.4: status of genomic and metagenomic projects and their associated metadata JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1100 DO - 10.1093/nar/gkr1100 ID - Pagani2012 ER - TY - JOUR AU - Markowitz, V. M. AU - Chen, I. M. AU - Palaniappan, K. AU - Chu, K. AU - Szeto, E. AU - Grechkin, Y. AU - Ratner, A. AU - Jacob, B. AU - Pati, A. AU - Huntemann, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - IMG: the integrated microbial genomes database and comparative analysis system JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1044 DO - 10.1093/nar/gkr1044 ID - Markowitz2012 ER - TY - STD TI - List of growth media used at the DSMZ: http://www.dmsz.de/catalogues/cataloque-microorganisms/culture-technology/list-of-media-for-microorganisms.html. UR - http://www.dmsz.de/ ID - ref31 ER - TY - JOUR AU - Gemeinholzer, B. AU - Dröge, G. AU - Zetzsche, H. AU - Haszprunar, G. AU - Klenk, H. P. AU - Güntsch, A. AU - Berendsohn, W. G. AU - Wägele, J. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - The DNA Bank Network: the start from a German initiative JO - Biopreserv Biobank VL - 9 UR - https://doi.org/10.1089/bio.2010.0029 DO - 10.1089/bio.2010.0029 ID - Gemeinholzer2011 ER - TY - STD TI - Aronesty E. ea-utils: Command-line tools for processing biological sequencing data. 2011; http://code.google.com/p/ea-utils. UR - http://code.google.com/ ID - ref33 ER - TY - JOUR AU - Kelley, D. R. AU - Schatz, M. C. AU - Salzberg, S. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Quake: quality-aware detection and correction of sequencing errors JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-11-r116 DO - 10.1186/gb-2010-11-11-r116 ID - Kelley2010 ER - TY - JOUR AU - Zerbino, D. R. AU - Birney, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.074492.107 DO - 10.1101/gr.074492.107 ID - Zerbino2008 ER - TY - JOUR AU - Gordon, D. AU - Abajian, C. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Consed: a graphical tool for sequence finishing JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.195 DO - 10.1101/gr.8.3.195 ID - Gordon1998 ER - TY - JOUR AU - Sommer, D. D. AU - Delcher, A. L. AU - Salzberg, S. L. AU - Pop, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Minimus: a fast, lightweight genome assembler JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-64 DO - 10.1186/1471-2105-8-64 ID - Sommer2007 ER - TY - JOUR AU - Delcher, A. L. AU - Phillippy, A. AU - Carlton, J. AU - Salzberg, S. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Fast Algorithms for Large-scale Genome Alignment and Comparision JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.11.2478 DO - 10.1093/nar/30.11.2478 ID - Delcher2002 ER - TY - JOUR AU - Hyatt, D. AU - Chen, G. L. AU - LoCascio, P. F. AU - Land, M. L. AU - Larimer, F. W. AU - Hauser, L. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-119 DO - 10.1186/1471-2105-11-119 ID - Hyatt2010 ER - TY - JOUR AU - Finn, D. R. AU - Clements, J. AU - Eddy, S. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - HMMER web server: interactive sequence similarity searching JO - Nucleic Acids Research VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr367 DO - 10.1093/nar/gkr367 ID - Finn2011 ER - TY - JOUR AU - Lowe, T. M. AU - Eddy, S. R. PY - 1997 DA - 1997// TI - tRNAscan-SE: A Program for Improved Detection of Transfer RNA Genes in Genomic Sequence JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.5.0955 DO - 10.1093/nar/25.5.0955 ID - Lowe1997 ER - TY - JOUR AU - Nawrocki, E. P. AU - Kolbe, D. L. AU - Eddy, S. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Infernal 1.0: Inference of RNA alignments JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp157 DO - 10.1093/bioinformatics/btp157 ID - Nawrocki2009 ER - TY - JOUR AU - Markowitz, V. M. AU - Ivanova, N. N. AU - Chen, I. M. A. AU - Chu, K. AU - Kyrpides, N. C. PY - 2009 DA - 2009// TI - IMG ER: a system for microbial genome annotation expert review and curation JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp393 DO - 10.1093/bioinformatics/btp393 ID - Markowitz2009 ER - TY - JOUR AU - Bland, C. AU - Ramsey, T. L. AU - Sabree, F. AU - Lowe, M. AU - Brown, K. AU - Kyrpides, N. C. AU - Hugenholtz, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - CRISPR recognition tool (CRT): a tool for automatic detection of clustered regularly interspaced palindromic repeats JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-209 DO - 10.1186/1471-2105-8-209 ID - Bland2007 ER - TY - STD TI - Anonymous. PILER Genomic repeat analysis software. 2009. ID - ref45 ER - TY - JOUR AU - Newton, R. J. AU - Griffin, L. E. AU - Bowles, K. M. AU - Meile, C. AU - Gifford, S. AU - Givens, C. E. AU - Howard, E. C. AU - King, E. AU - Oakley, C. A. AU - Reisch, C. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome characteristics of a generalist marine bacterial lineage JO - ISME J VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2009.150 DO - 10.1038/ismej.2009.150 ID - Newton2010 ER - TY - JOUR AU - Petersen, J. AU - Frank, O. AU - Göker, M. AU - Pradella, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Extrachromosomal, extraordinary and essential—the plasmids of the Roseobacter clade JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 97 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-013-4746-8 DO - 10.1007/s00253-013-4746-8 ID - Petersen2013 ER - TY - JOUR AU - Biebl, H. AU - Allgaier, M. AU - Tindall, B. J. AU - Koblizek, M. AU - Lunsdorf, H. AU - Pukall, R. AU - Wagner-Döbler, I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Dinoroseobacter shibae gen. nov., sp. nov., a new aerobic phototrophic bacterium isolated from dinoflagellates JO - Int J Syst Evol Microbiol VL - 55 UR - https://doi.org/10.1099/ijs.0.63511-0 DO - 10.1099/ijs.0.63511-0 ID - Biebl2005 ER - TY - JOUR AU - Wommack, K. E. AU - Colwell, R. R. PY - 2000 DA - 2000// TI - Viroplankton: viruses in aquatic ecosystems JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 64 UR - https://doi.org/10.1128/MMBR.64.1.69-114.2000 DO - 10.1128/MMBR.64.1.69-114.2000 ID - Wommack2000 ER - TY - JOUR AU - Proctor, L. M. AU - Fuhrman, J. A. AU - Ledbetter, M. C. PY - 1988 DA - 1988// TI - Marine bacteriophages and bacterial mortality JO - Eos VL - 69 ID - Proctor1988 ER - TY - JOUR AU - Paul, J. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Prophages in marine bacteria: dangerous molecular bombs or the key to survival in the seas JO - ISME J VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2008.35 DO - 10.1038/ismej.2008.35 ID - Paul2008 ER - TY - JOUR AU - Canchaya, C. AU - Proux, C. AU - Fournous, G. AU - Bruttin, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Prophage genomics JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 67 UR - https://doi.org/10.1128/MMBR.67.2.238-276.2003 DO - 10.1128/MMBR.67.2.238-276.2003 ID - Canchaya2003 ER - TY - JOUR AU - Bassler, B. L. PY - 1999 DA - 1999// TI - How bacteria talk to each other: regulation of gene expression by quorum sensing JO - Curr Opin Microbiol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/S1369-5274(99)00025-9 DO - 10.1016/S1369-5274(99)00025-9 ID - Bassler1999 ER - TY - JOUR AU - Miller, M. B. AU - Bassler, B. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Quorum sensing in bacteria JO - Annu Rev Microbiol VL - 55 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.55.1.165 DO - 10.1146/annurev.micro.55.1.165 ID - Miller2001 ER - TY - JOUR AU - Fuqua, C. AU - Parsek, M. R. AU - Greenberg, E. P. PY - 2001 DA - 2001// TI - Regulation of gene expression by cell-to-cell communication: acyl-homoserine lactone quorum sensing JO - Annu Rev Genet VL - 35 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genet.35.102401.090913 DO - 10.1146/annurev.genet.35.102401.090913 ID - Fuqua2001 ER - TY - JOUR AU - Waters, C. M. AU - Bassler, B. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Quorum Sensing: Cell-to-Cell Communication in Bacteria JO - Annu Rev Cell Dev Biol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.cellbio.21.012704.131001 DO - 10.1146/annurev.cellbio.21.012704.131001 ID - Waters2005 ER - TY - JOUR AU - Case, R. J. AU - Labbate, M. AU - Kjelleberg, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - AHL-driven quorum-sensing circuits: their frequency and function among the Proteobacteria JO - ISME J VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2008.13 DO - 10.1038/ismej.2008.13 ID - Case2008 ER - TY - JOUR AU - Ng, W. L. AU - Bassler, B. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bacterial quorum-sensing network architectures JO - Annu Rev Genet VL - 43 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-genet-102108-134304 DO - 10.1146/annurev-genet-102108-134304 ID - Ng2009 ER - TY - JOUR AU - Nealson, K. H. AU - Hastings, J. W. PY - 1979 DA - 1979// TI - Bacterial Bioluminescence: Its Control and Ecological Significance JO - Microbiol Rev VL - 43 ID - Nealson1979 ER - TY - JOUR AU - Visick, K. L. AU - Foster, J. AU - Doino, J. AU - McFall-Ngai, M. AU - Ruby, E. G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Vibrio fischeri lux genes play an important role in colonization and development of the host light organ JO - J Bacteriol VL - 182 UR - https://doi.org/10.1128/JB.182.16.4578-4586.2000 DO - 10.1128/JB.182.16.4578-4586.2000 ID - Visick2000 ER - TY - JOUR AU - Sauer, K. AU - Camper, A. K. AU - Ehrlich, G. D. AU - Costerton, J. W. AU - Davies, D. G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Pseudomonas aeruginosa displays multiple phenotypes during development as a biofilm JO - J Bacteriol VL - 184 UR - https://doi.org/10.1128/jb.184.4.1140-1154.2002 DO - 10.1128/jb.184.4.1140-1154.2002 ID - Sauer2002 ER - TY - JOUR AU - Cude, W. N. AU - Buchan, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Acyl-homoserine lactone-based quorum sensing in the Roseobacter clade: complex cell-to-cell communication controls multiple physiologies JO - Front Microbiol VL - 4 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2013.00336 DO - 10.3389/fmicb.2013.00336 ID - Cude2013 ER - TY - JOUR AU - Riedel, T. AU - Hazuki, T. AU - Petersen, J. AU - Fiebig, A. AU - Davenport, K. AU - Daligault, H. AU - Erkkila, T. AU - Gu, W. AU - Munk, C. AU - Xu, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome sequence of the Leisingera aquimarina type strain (DSM 24565T), a member of the marine Roseobacter clade rich in extrachromosomal elements JO - Stand Genomic Sci VL - 8 UR - https://doi.org/10.4056/sigs.3858183 DO - 10.4056/sigs.3858183 ID - Riedel2013 ER - TY - JOUR AU - Riedel, T. AU - Fiebig, A. AU - Petersen AU - Gronow, S. AU - Kyrpides, N. C. AU - Göker, M. AU - Klenk, H. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome sequence of the Litoreibacter arenae type strain (DSM 19593T), a member of the Roseobacter clade isolated from sea sand JO - Stand Genomic Sci VL - 9 UR - https://doi.org/10.4056/sigs.4258318 DO - 10.4056/sigs.4258318 ID - Riedel2013 ER - TY - JOUR AU - Patzelt, D. AU - Wang, H. AU - Buchholz, I. AU - Rohde, M. AU - Gröbe, L. AU - Pradella, S. AU - Neumann, A. AU - Schulz, S. AU - Heyber, S. AU - Münch, K. PY - 2013 DA - 2013// TI - You are what you talk: quorum sensing induces individual morphologies and cell division modes in Dinoroseobacter shibae JO - ISME J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2013.107 DO - 10.1038/ismej.2013.107 ID - Patzelt2013 ER - TY - JOUR AU - Yurkov, V. V. AU - Beatty, J. T. PY - 1998 DA - 1998// TI - Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 62 ID - Yurkov1998 ER - TY - JOUR AU - Allgaier, M. AU - Uphoff, A. AU - Wagner-Döbler, I. PY - 2003 DA - 2003// TI - Aerobic anoxygenic photosynthesis in Roseobacter clade bacteria from diverse marine habitats JO - Appl Environ Microbiol VL - 69 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.69.9.5051-5059.2003 DO - 10.1128/AEM.69.9.5051-5059.2003 ID - Allgaier2003 ER - TY - JOUR AU - Brinkhoff, T. AU - Giebel, H. A. AU - Simon, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Diversity, ecology, and genomics of the Roseobacter clade: a short overview JO - Arch Microbiol VL - 189 UR - https://doi.org/10.1007/s00203-008-0353-y DO - 10.1007/s00203-008-0353-y ID - Brinkhoff2008 ER - TY - JOUR AU - Béjà, O. AU - Suzuki, M. T. AU - Heidelberg, J. F. AU - Nelson, W. C. AU - Preston, C. M. AU - Hamada, T. AU - Eisen, J. A. AU - Fraser, C. M. AU - DeLong, E. F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Unsuspected diversity among marine aerobic anoxygenic phototrophs JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/415630a DO - 10.1038/415630a ID - Béjà2002 ER - TY - JOUR AU - Oz, A. AU - Sabehi, G. AU - Koblizek, M. AU - Massana, R. AU - Beja, O. PY - 2005 DA - 2005// TI - Roseobacter-like bacteria in Red and Mediterranean Sea aerobic anoxygenic photosynthetic populations JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.71.1.344-353.2005 DO - 10.1128/AEM.71.1.344-353.2005 ID - Oz2005 ER - TY - JOUR AU - Cottrell, M. T. AU - Mannino, A. AU - Kirchman, D. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in the Mid-Atlantic Bight and the North Pacific Gyre JO - Appl Environ Microbiol VL - 72 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.72.1.557-564.2006 DO - 10.1128/AEM.72.1.557-564.2006 ID - Cottrell2006 ER - TY - JOUR AU - Lami, R. AU - Cottrell, M. T. AU - Ras, J. AU - Ulloa, O. AU - Obernosterer, I. AU - Claustre, H. AU - Kirchman, D. L. AU - Lebaron, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - High abundances of aerobic anoxygenic photosynthetic bacteria in the South Pacific Ocean JO - Appl Environ Microbiol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02652-06 DO - 10.1128/AEM.02652-06 ID - Lami2007 ER - TY - JOUR AU - Jiao, N. AU - Zhang, F. AU - Hong, N. PY - 2010 DA - 2010// TI - Significant roles of bacteriochlorophylla supplemental to chlorophylla in the ocean JO - ISME J VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2009.135 DO - 10.1038/ismej.2009.135 ID - Jiao2010 ER - TY - JOUR AU - Koblizek, M. AU - Mlcouskova, J. AU - Kolber, Z. AU - Kopecky, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - On the photosynthetic properties of marine bacterium COL2P belonging to Roseobacter clade JO - Arch Microbiol VL - 192 UR - https://doi.org/10.1007/s00203-009-0529-0 DO - 10.1007/s00203-009-0529-0 ID - Koblizek2010 ER - TY - JOUR AU - Yurkov, V. V. AU - Gemerden, H. PY - 1993 DA - 1993// TI - Impact of light/dark regime on growth rate, biomass formation and bacteriochlorophyll synthesis in Erythromicrobium hydrolyticum JO - Arch Microbiol VL - 159 UR - https://doi.org/10.1007/BF00244268 DO - 10.1007/BF00244268 ID - Yurkov1993 ER - TY - JOUR AU - Biebl, H. AU - Wagner-Döbler, I. PY - 2006 DA - 2006// TI - Growth and bacteriochlorophyll a formation in taxonomically diverse aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in chemostat culture: influence of light regimen and starvation JO - Process Biochem VL - 41 UR - https://doi.org/10.1016/j.procbio.2006.06.029 DO - 10.1016/j.procbio.2006.06.029 ID - Biebl2006 ER - TY - JOUR AU - Tomasch, J. AU - Gohl, R. AU - Bunk, B. AU - Suarez-Diez, M. AU - Wagner-Döbler, I. PY - 2011 DA - 2011// TI - Transcriptional response of the photoheterotrophic marine bacterium Dinoroseobacter shibae to changing light regimes JO - ISME J VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.68 DO - 10.1038/ismej.2011.68 ID - Tomasch2011 ER - TY - JOUR AU - Spring, S. AU - Riedel, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Mixotrophic growth of bacteriochlorophyll a-containing members of the OM60/NOR5 clade of marine gammaproteobacteria is carbon-starvation independent and correlates with the cellular redox state JO - BMC Microbiol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2180-13-117 DO - 10.1186/1471-2180-13-117 ID - Spring2013 ER - TY - JOUR AU - Elsen, S. AU - Jaubert, M. AU - Pignol, D. AU - Giraud, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - PpsR: a multifaceted regulator of photosynthesis gene expression in purple bacteria JO - Mol Microbiol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2005.04655.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2005.04655.x ID - Elsen2005 ER - TY - JOUR AU - Spring, S. AU - Lünsdorf, H. AU - Fuch, B. M. AU - Tindall, B. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - The photosynthetic apparatus and its regulation in the aerobic gammaproteobacterium Congregibacter litoralis gen. nov., sp. nov. JO - PLoS ONE VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0004866 DO - 10.1371/journal.pone.0004866 ID - Spring2009 ER - TY - JOUR AU - Holt, P. S. AU - Chaubal, P. H. PY - 1997 DA - 1997// TI - Detection of motility and putative synthesis of flagellar proteins in Salmonella pullorum cultures JO - J Clin Microbiol VL - 35 ID - Holt1997 ER - TY - JOUR AU - Liu, R. AU - Ochman, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Origins of flagellar gene operons and secondary flagellar systems JO - J Bacteriol VL - 189 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00643-07 DO - 10.1128/JB.00643-07 ID - Liu2007 ER - TY - JOUR AU - Smith, T. G. AU - Hoover, T. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Deciphering bacterial flagellar gene regulatory networks in the genomic era JO - Adv Appl Microbiol VL - 67 UR - https://doi.org/10.1016/S0065-2164(08)01008-3 DO - 10.1016/S0065-2164(08)01008-3 ID - Smith2009 ER - TY - JOUR AU - Terashima, H. AU - Kojima, S. AU - Homma, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Flagellar motility in bacteria structure and function of flagellar motor JO - Int Rev Cell Mol Biol VL - 270 UR - https://doi.org/10.1016/S1937-6448(08)01402-0 DO - 10.1016/S1937-6448(08)01402-0 ID - Terashima2008 ER - TY - JOUR AU - González-Pedrajo, B. AU - Mora, J. AU - Ballado, T. AU - Camarena, L. AU - Dreyfus, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Characterization of the flgG operon of Rhodobacter sphaeroides WS8 and its role in flagellum biosynthesis JO - Biochim Biophys Acta VL - 1579 UR - https://doi.org/10.1016/S0167-4781(02)00504-3 DO - 10.1016/S0167-4781(02)00504-3 ID - González-Pedrajo2002 ER - TY - JOUR AU - Martinez-Cánovas, M. J. AU - Quesada, E. AU - Martinez-Checa, F. AU - Moral, A. AU - Béjar, V. PY - 2004 DA - 2004// TI - Salipiger mucescens gen.nov., sp.nov., a moderately halophilic, exopolysaccharide-producing bacterium isolated from hypersaline soil, belonging to the alpha-Proteobacteria JO - Int J Syst Evol Microbiol VL - 54 ID - Martinez-Cánovas2004 ER - TY - JOUR AU - González, J. M. AU - Mayer, F. AU - Moran, M. A. AU - Hodson, R. E. AU - Whitman, W. B. PY - 1997 DA - 1997// TI - Sagittula stellata gen. nov., sp. nov., a lignin-transforming bacterium from a coastal environment JO - Int J Syst Bacteriol VL - 47 UR - https://doi.org/10.1099/00207713-47-3-773 DO - 10.1099/00207713-47-3-773 ID - González1997 ER - TY - JOUR AU - Cho, J. C. AU - Giovannoni, S. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Pelagibaca bermudensis gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium within the Roseobacter clade in the order Rhodobacterales JO - Int J Syst Evol Microbiol VL - 56 UR - https://doi.org/10.1099/ijs.0.64063-0 DO - 10.1099/ijs.0.64063-0 ID - Cho2006 ER -