Environmental Microbiome

Table 2 Top relative abundances of bacterial endophyte's main phyla (A), and Pseudomonadota classes (B), determined by massive amplicon sequencing, reported in selected publications

From: The Arabidopsis holobiont: a (re)source of insights to understand the amazing world of plant–microbe interactions

Compartment phylum	Roots								Leaves				Flowers		Seeds
Compartment phylum	Lu	Bu	Bo	S1	S2	S3	S4	Le	Bo	Ho	Ha	Ch	Boa*	Ma,*	Jo***
A
Actinomycetota	1º	2º	1º	3º	2º	3º	2º	1º	2º	3º	2º	3º	2º	2º
Pseudomonadota	2º	1º	2º	1º	1º	1º	1º	2º	1º	1º	1º	1º	1º	1º	1º
Bacteroidota	3º	3º	3º	2º	3º	2º	3º	3º	3º	2º	4º		3º	4º	3º
Bacillota	4º	8º	4º	4º	6º		5º	4º	6º	6º	3º	2º	4º	3º
Cyanobacteriota	5º									14º	5º				2º
Cloroflexota	6º				5º	4º	4º			4º
Acidobacteriota	7º	6º	5º					5º	5º	7º	6º		5º
Armatimonadota	8º		6º						4º	8º
Verrucomicrobiota	9º	9º						6º		11º
Gemmatimonadota	10º									9º			6º
Planctomycetota		4º								12º
Candidate Division TM7		5º	7º						7º	10º
Nitrospirota		7º								13º
Deinococcota		10º								5º
AD3					4º
Euryarchaeota											7º
B
α Pseudomonadota		4º	2º						1º		2º	2º	1º	2º	3º
β Pseudomonadota		2º	1º						2º		3º	1º	2º	1º	2º
γ Pseudomonadota		5º	3º						3º		1º	3º	3º	3º	1º

Lu et al. [115], Bu et al. [30], Bo et al. [23], S1-4: [169]: Le et al. [101], Ho et al. [78], Ha et al. [70], Ch et al. [40], Boa et al. [22], Ma et al. [126], Jo: J [85]. Numbers indicate cardinal top abundance position
^*Floral samples are not necessarily endophytes
^**A mistake in naming Pseudomonadota classes in this report (Fig. 3 vs. Additional file 1: Table S1)
^***Bacillota are not abundant as indicated in Fig. 2 of that report (see Suppl. Mat. of that article. Data Sheet 1)

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ISSN: 2524-6372

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