TY - JOUR AU - Wieczorek, J. AU - Bloom, D. AU - Guralnick, R. AU - Blum, S. AU - Döring, M. AU - Giovanni, R. AU - Robertson, T. AU - Vieglais, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Darwin Core: an evolving community-developed biodiversity data standard JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0029715 DO - 10.1371/journal.pone.0029715 ID - Wieczorek2012 ER - TY - JOUR AU - Yilmaz, P. AU - Gilbert, J. A. AU - Knight, R. AU - Amaral-Zettler, L. AU - Karsch-Mizrachi, I. AU - Cochrane, G. AU - Nakamura, Y. AU - Sansone, S. -. A. AU - Glöckner, F. AU - Field, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - The Genomic Standards Consortium: bringing standards to life for microbial ecology JO - ISME J VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.39 DO - 10.1038/ismej.2011.39 ID - Yilmaz2011 ER - TY - STD TI - Web Ontology Language [Internet] Available from: http://www.w3.org/TR/owl2-primer/ UR - http://www.w3.org/TR/owl2-primer/ ID - ref3 ER - TY - STD TI - Resource Description Format [Internet] Available from: http://www.w3.org/RDF/ UR - http://www.w3.org/RDF/ ID - ref4 ER - TY - JOUR AU - Walls, R. L. AU - Deck, J. AU - Guralnick, R. AU - Baskauf, S. AU - Beaman, R. AU - Blum, S. AU - Bowers, S. AU - Buttigieg, P. L. AU - Davies, N. AU - Endres, D. AU - Gandolfo, M. A. AU - Hanner, R. AU - Jannings, A. AU - Krishtalka, L. AU - Matsunage, A. AU - Midford, P. AU - Morrison, N. AU - Tuama, É. Ó. AU - Schildhauer, M. AU - Smith, B. AU - Stucky, B. AU - Thomer, A. AU - Wieczorek, J. AU - Whitacre, J. AU - Wooley, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Semantics in support of biodiversity knowledge discovery: an introduction to the Biological Collections Ontology and related ontologies JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0089606 DO - 10.1371/journal.pone.0089606 ID - Walls2014 ER - TY - JOUR AU - Keller, M. AU - Schimel, D. S. AU - Hargrove, W. W. AU - Hoffman, F. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - A continental strategy for the National Ecological Observatory Network JO - Front Ecol Environ VL - 6 UR - https://doi.org/10.1890/1540-9295(2008)6[282:ACSFTN]2.0.CO;2 DO - 10.1890/1540-9295(2008)6[282:ACSFTN]2.0.CO;2 ID - Keller2008 ER - TY - STD TI - Phenotype RCN [Internet] Available from: http://www.phenotypercn.org/ UR - http://www.phenotypercn.org/ ID - ref7 ER - TY - STD TI - Identifier forobject aggregatefrom BFO [Internet] Available from: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000027 UR - http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000027 ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Grenon, P. AU - Smith, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - SNAP and SPAN: towards dynamic spatial ontology JO - Spat Cogn Comput VL - 4 ID - Grenon2004 ER - TY - CHAP AU - Smith, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - On classifying material entities in Basic Formal Ontology BT - Proceedings of the third interdisciplinary ontology meeting; Tokyo PB - Keio University Press CY - Tokyo ID - Smith2012 ER - TY - JOUR AU - Buttigieg, P. L. AU - Morrison, N. AU - Smith, B. AU - Mungall, C. J. AU - Lewis, S. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - The environment ontology: contextualising biological and biomedical entities JO - J Biomed Semant VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/2041-1480-4-43 DO - 10.1186/2041-1480-4-43 ID - Buttigieg2013 ER - TY - BOOK AU - Elton, C. S. PY - 1927 DA - 1927// TI - Animal Ecology PB - Macmillan Company CY - New York ID - Elton1927 ER - TY - JOUR AU - Grinnell, J. PY - 1917 DA - 1917// TI - The niche-relationships of the California thrasher JO - Auk VL - 34 UR - https://doi.org/10.2307/4072271 DO - 10.2307/4072271 ID - Grinnell1917 ER - TY - JOUR AU - Hutchinson, G. E. PY - 1957 DA - 1957// TI - Concluding remarks JO - Cold Spring Harb Symp Quant Biol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/SQB.1957.022.01.039 DO - 10.1101/SQB.1957.022.01.039 ID - Hutchinson1957 ER - TY - STD TI - Identifier forenvironmental conditionfrom ENVO [Internet] Available from: http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_01000203 UR - http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_01000203 ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Gkoutos, G. V. AU - Green, E. C. J. AU - Mallon, A. M. AU - Hancock, J. M. AU - Davidson, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Using ontologies to describe mouse phenotypes JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-6-1-r8 DO - 10.1186/gb-2004-6-1-r8 ID - Gkoutos2005 ER - TY - JOUR AU - Dahdul, W. M. AU - Balhoff, J. P. AU - Engeman, J. AU - Grande, T. AU - Hilton, E. J. AU - Kothari, C. AU - Lapp, H. AU - Lundberg, J. G. AU - Midford, P. E. AU - Vision, T. J. AU - Westerfield, M. AU - Mabee, P. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evolutionary characters, phenotypes and ontologies: curating data from the systematic biology literature JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010708 DO - 10.1371/journal.pone.0010708 ID - Dahdul2010 ER - TY - JOUR AU - Köhler, S. AU - Doelken, S. C. AU - Mungall, C. J. AU - Bauer, S. AU - Firth, H. V. AU - Bailleul-Forestier, I. AU - Black, G. C. M. AU - Brown, D. L. AU - Brudno, M. AU - Campbell, J. AU - FitzPatrick, D. R. AU - Eppig, J. T. AU - Jackson, A. P. AU - Freson, K. AU - Girdea, M. AU - Helbig, I. AU - Hurst, J. A. AU - Jähn, J. AU - Jackson, L. G. AU - Kelly, A. M. AU - Ledbetter, D. H. AU - Mansour, S. AU - Martin, C. L. AU - Moss, C. AU - Mumford, A. AU - Ouwehand, W. H. AU - Park, S. -. M. AU - Riggs, E. R. AU - Scott, R. H. AU - Sisodiya, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - The Human Phenotype Ontology project: linking molecular biology and disease through phenotype data JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1026 DO - 10.1093/nar/gkt1026 ID - Köhler2013 ER - TY - JOUR AU - Park, C. A. AU - Bello, S. M. AU - Smith, C. L. AU - Hu, Z. -. L. AU - Munzenmaier, D. H. AU - Nigam, R. AU - Smith, J. R. AU - Shimoyama, M. AU - Eppig, J. T. AU - Reecy, J. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - The Vertebrate Trait Ontology: a controlled vocabulary for the annotation of trait data across species JO - J Biomed Semant VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/2041-1480-4-13 DO - 10.1186/2041-1480-4-13 ID - Park2013 ER - TY - JOUR AU - Costa, M. AU - Reeve, S. AU - Grumbling, G. AU - Osumi-Sutherland, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - The Drosophila anatomy ontology JO - J Biomed Semant VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/2041-1480-4-32 DO - 10.1186/2041-1480-4-32 ID - Costa2013 ER - TY - JOUR AU - Rocca-Serra, P. AU - Brandizi, M. AU - Maguire, E. AU - Sklyar, N. AU - Taylor, C. AU - Begley, K. AU - Field, D. AU - Harris, S. AU - Hide, W. AU - Hofmann, O. AU - Neumann, S. AU - Sterk, P. AU - Tong, W. AU - Sansone, S. -. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - ISA software suite: supporting standards-compliant experimental annotation and enabling curation at the community level JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq415 DO - 10.1093/bioinformatics/btq415 ID - Rocca-Serra2010 ER - TY - STD TI - Protégé [Internet] Available from: http://protege.stanford.edu/ UR - http://protege.stanford.edu/ ID - ref22 ER - TY - STD TI - Biocode FIMS [Internet] Available from: https://code.google.com/p/biocode-fims/ UR - https://code.google.com/p/biocode-fims/ ID - ref23 ER - TY - STD TI - Darwin Core [Internet] Available from: http://rs.tdwg.org/dwc/ UR - http://rs.tdwg.org/dwc/ ID - ref24 ER - TY - STD TI - Darwin Core as RDF [Internet] Available from: http://rs.tdwg.org/dwc/rdf/dwcterms.rdf UR - http://rs.tdwg.org/dwc/rdf/dwcterms.rdf ID - ref25 ER - TY - STD TI - Identifier forPropertyfrom RDF [Internet] Available from:http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#Property UR - http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#Property ID - ref26 ER - TY - STD TI - Identifier forClassfrom RDF [Internet] Available from:http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#Class UR - http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#Class ID - ref27 ER - TY - STD TI - Simple Darwin Core Term List [Internet] Available from:http://rs.tdwg.org/dwc/terms/simple/index.htm UR - http://rs.tdwg.org/dwc/terms/simple/index.htm ID - ref28 ER - TY - STD TI - Global Biodiversity Information Facility [Internet] Available from:http://www.gbif.org/ UR - http://www.gbif.org/ ID - ref29 ER - TY - STD TI - Identifier forbiological sexfrom PATO [Internet] Available from:http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000047 UR - http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000047 ID - ref30 ER - TY - STD TI - Biological Collections Ontology [Internet] Available from:https://raw.githubusercontent.com/tucotuco/bco/master/src/ontology/bco.owl UR - https://raw.githubusercontent.com/tucotuco/bco/master/src/ontology/bco.owl ID - ref31 ER - TY - STD TI - Ocean Sampling Day [Internet] Available from:http://www.oceansamplingday.org UR - http://www.oceansamplingday.org ID - ref32 ER - TY - STD TI - Identifier forspecimenfrom OBI [Internet] Available from:http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000747 UR - http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000747 ID - ref33 ER - TY - STD TI - Identifier forspecimen collectionfrom OBI [Internet] Available from:http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000659 UR - http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000659 ID - ref34 ER - TY - STD TI - Identifier for has_specified_output from OBI [Internet] Available from:http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000299 UR - http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000299 ID - ref35 ER - TY - STD TI - RDF/XML File Mapping NEON Dataset to BCO [Internet] Available from:http://tinyurl.com/omteote UR - http://tinyurl.com/omteote ID - ref36 ER - TY - JOUR AU - Davies, N. AU - Meyer, C. AU - Gilbert, J. A. AU - Amaral-Zettler, L. AU - Deck, J. AU - Bicak, M. AU - Rocca-Serra, P. AU - Sansone, S. -. A. AU - Willis, K. AU - Field, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - A call for an international network of genomic observatories (GOs) JO - GigaScience VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/2047-217X-1-5 DO - 10.1186/2047-217X-1-5 ID - Davies2012 ER - TY - STD TI - Identifier forbiomefrom ENVO [Internet] Available from:http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_00000428 UR - http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_00000428 ID - ref38 ER - TY - STD TI - Identifier forenvironmental featurefrom ENVO [Internet] Available from:http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_00002297 UR - http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_00002297 ID - ref39 ER - TY - STD TI - RDF/XML File Mapping OSD Dataset to BCO [Internet] Available from:http://tinyurl.com/n8ghbe3 UR - http://tinyurl.com/n8ghbe3 ID - ref40 ER - TY - STD TI - Darwin Core Archive Validator [Internet] Available from:http://tools.gbif.org/dwca-validator/ UR - http://tools.gbif.org/dwca-validator/ ID - ref41 ER - TY - JOUR AU - Constable, H. AU - Guralnick, R. AU - Wieczorek, J. AU - Spencer, C. AU - Peterson, A. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - VertNet: a new model for biodiversity data sharing JO - PLoS Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000309 DO - 10.1371/journal.pbio.1000309 ID - Constable2010 ER - TY - JOUR AU - Stucky, B. AU - Deck, J. AU - Conlin, T. AU - Ziemba, L. AU - Cellinese, N. AU - Guralnick, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - The BiSciCol Triplifier: bringing biodiversity data to the Semantic Web JO - BMC Bioinformatics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-257 DO - 10.1186/1471-2105-15-257 ID - Stucky2014 ER - TY - STD TI - BiSciCol Blog Post [Internet] Available from:http://biscicol.blogspot.com/2013/03/biscicol-triples-and-darwin-core.html UR - http://biscicol.blogspot.com/2013/03/biscicol-triples-and-darwin-core.html ID - ref44 ER - TY - STD TI - BiSciCol Triplifier [Internet] Available from:http://biscicol.org/triplifier/ UR - http://biscicol.org/triplifier/ ID - ref45 ER - TY - STD TI - Material Sample Core [Internet] Available from:http://tools.gbif.org/dwca-validator/extension.do?id=http://rs.tdwg.org/dwc/terms/MaterialSample UR - http://tools.gbif.org/dwca-validator/extension.do?id=http://rs.tdwg.org/dwc/terms/MaterialSample ID - ref46 ER - TY - STD TI - GBIF Extensions Under Development [Internet] Available from:http://tools.gbif.org/dwca-validator/extensions.do UR - http://tools.gbif.org/dwca-validator/extensions.do ID - ref47 ER - TY - STD TI - 2014–05–27 Version of BCO [Internet] Available from:http://purl.obolibrary.org/obo/bco/releases/2014–05–27/bco.owl UR - http://purl.obolibrary.org/obo/bco/releases/2014-05-27/bco.owl ID - ref48 ER - TY - JOUR AU - Brochhausen, M. AU - Fransson, M. N. AU - Kanaskar, N. V. AU - Eriksson, M. AU - Merino-Martinez, R. AU - Hall, R. A. AU - Norlin, L. AU - Kjellqvist, S. AU - Hortlund, M. AU - Topaloglu, U. AU - Hogan, W. R. AU - Litton, J. -. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Developing a semantically rich ontology for the biobank-administration domain JO - J Biomed Semant VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/2041-1480-4-23 DO - 10.1186/2041-1480-4-23 ID - Brochhausen2013 ER -